《秸秆禁烧和综合利用管理办法》发布于1999年4月16日，由原国家环境保护总局、农业部、财政部、原铁道部、交通部、国家民航总局联合制定。2015年8月，全国人大常委会修订了《大气污染防治法》，对秸秆禁烧的内容作了较大调整。
环保部政策法规司副司长别涛指出，《秸秆禁烧和综合利用管理办法》与上位法存在明显冲突，不宜继续实施。《秸秆禁烧和综合利用管理办法》废止后并不意味着秸秆禁烧和综合利用工作不再继续开展。按照新《大气污染防治法》和部门职责分工，秸秆禁烧工作将更多转由地方政府负责，由地方政府依照《大气污染防治法》严格监管;而秸秆综合利用工作则主要执行国家发展改革委员会和农业部等部门的相关规定。
此次废止的部门规章还包括《城市放射性废物管理办法》《废物进口环境保护管理暂行规定》《关于废物进口环境保护管理暂行规定的补充规定》《污染源监测管理办法》《畜禽养殖污染防治管理办法》《淮河和太湖流域排放重点水污染物许可证管理办法(试行)》《废弃危险化学品污染环境防治办法》《限期治理管理办法(试行)》《危险化学品环境管理登记办法(试行)》等。
