《办法》规定，各市、县（市、区）、乡（镇）政府对其与上级政府签订的耕地保护责任状确定的本行政区域内的耕地保有量和基本农田保护面积负总责，市长、县（市、区）长、乡（镇）长为第一责任人。各地要成立耕地保护工作领导小组，研究、部署耕地保护工作重大事项。
《办法》明确，从2011年起，每5年为一个规划期，每个规划期的期中和期末为考核年，其余年份为抽查年。从2016年起，每个考核周期初，经自治区政府批准，由自治区国土资源厅会同农业厅、统计局等部门下达各市耕地和基本农田保护任务。按照保护任务，自治区政府与各市签订责任状，作为市级政府耕地保护责任目标。
《办法》同时明确了奖惩制度，对考核结果评定为合格的市政府给予奖金奖励，评定为优秀的市予以通报表扬并给予指标奖励，对考核不合格的市政府通报批评并责令限期整改。考核结果将作为设区市政府第一责任人工作业绩考核和干部选拔任用的重要依据。
