《意见》在积极推进农业水价综合改革、完善水利投入稳定增长机制、建立水权制度和水价机制等十个方面提出了改革举措。
在农业水价综合改革方面，水利部财务司司长吴文庆表示，我国水资源紧缺，农业用水总量占60%以上，是节水的最大潜力所在。目前我国现行农业水价标准低、实收率低，水费难以维持工程正常运行，另一方面农民承受能力低，农业水价改革难度大。按照有利于促进节约用水、有利于降低农民水费支出、有利于保障灌排工程良性运行、有利于创新水利体制机制的总体要求，推进农业水价综合改革。一是完善农业水价形成机制。二是因地制宜大力推广管灌、喷灌、微灌等高效节水灌溉技术。三是推进小型水利工程产权改革。四是搞好农民用水合作组织规范化建设，推动农民用水自治。五是配套完善农业供水计量设施体系。
在完善水利投入稳定增长机制方面，《意见》提出，水利投入是加快水利基础设施建设的重要保障。必须坚持政府主导，健全公共财政水利投入稳定增长机制；必须进一步发挥市场作用，鼓励和吸引社会资本更多投入水利。
在健全水权配置体系方面，水资源司司长陈明忠表示，开展水资源使用权确权登记，形成归属清晰、权责明确、监管有效的水资源资产产权制度。抓紧完成省级以下区域用水总量控制指标分解，加快开展江河水量分配，确定区域取用水总量和权益。完善取水许可制度，对已经发证的取水许可进行规范，确认取用水户的水资源使用权。
《意见》在分析当前水利体制机制存在的突出问题、明确深化水利改革重要意义的基础上，提出了深化水利改革的指导思想、基本原则、总体目标和10个重要领域的改革任务。总体目标是坚持社会主义市场经济改革方向，充分考虑水利公益性、基础性、战略性特点，构建有利于增强水利保障能力、提升水利社会管理水平、加快水生态文明建设的科学完善的水利制度体系。
