2011年以来，南宁市积极开展农村环境综合整治工作，青秀区、良庆区等6个县区被列入广西农村环境连片整治示范县区，共获得中央农村环境综合整治项目资金2.32亿元，217个行政村受益。目前，南宁共有4个国家级生态乡镇、1个国家级生态村；4个自治区级生态乡镇、52个自治区级生态村。
为了实现年底建成100个农村环境综合整治示范村的目标，南宁市最近印发了“清洁乡村”活动实施方案。方案以饮用水水源地保护、村镇生活污水治理、畜禽养殖污染治理、污染水体（水库、河溪、水井、池塘、沟渠）清淤治理和工业污染源整治为重点，实施“一保、两治、三清理、一机制”四大任务，力争到2014年末全面完成“美丽南宁·清洁水源”专项活动目标任务。
为了保护饮用水水源地，确保饮用水安全，南宁市已出台措施，依法清除、取缔对饮用水源地有污染影响的各类排污口和污染源，落实关闭一批产能落后、污染严重的小淀粉厂、造纸厂、冶炼厂、皮革厂、电镀厂等，整治一批存在超标排放等环境违法行为的乡村工业企业。同时，全面治理农业面源污染和开展并完成乡镇集中式饮用水水源保护区划定及相应的防护工作。在此基础上，环保部门全力推进“两治”和“三清理”活动，“两治”是指治理村镇生活污水、畜禽养殖粪污。“三清理”是彻底清理乡村小溪流、池塘、沟渠堆积和水面漂浮的生活垃圾、畜禽尸体，清理污染严重的池塘、沟渠，清理村庄畜禽粪堆。通过清理整治，疏通排水，净化池塘。此外，还将建成“一机制”，即建立农村环境管理长效机制。通过扎实开展上述“四步曲”活动，到今年底，南宁建成、运行一批村庄生活污水收集处理设施，垃圾围河堵塘、污水乱排、养殖粪污乱堆状况明显改变，水环境质量得到有效改善，群众环保意识和文明素质明显提高。
